会社の就業規則の中に労基法の減給の制裁規定の制限を超えた制裁を規定している条文があります。このような条文も労働者に適用されることになるのですか？

労基法92条1項では、「就業規則は、法令又は当該事業場について適用される労働協約に反してはならない。」とされて、労基法91条に規定する制裁規定の制限を超えた就業規則の規定は、その部分については無効になります。したがって、その部分が労働者に適用されることになりません。
また、労基法92条2項では、行政官庁（所轄労働基準監督署長）は、「法令又は労働協約に牴触する就業規則の変更を命ずることができる」とされています。