土日が休日の週休2日制で働いていますが、土曜日と日曜日では、支払われる手当の額が違います。問題はないのでしょうか？

労働基準法では、週1日または4週間を通じて4日以上の休日を与えることが会社の義務とされています。
この休日を「法定休日」といいます。
法定休日に働いた場合には、会社は35％増しの割増賃金を支払わなければなりません。
就業規則等で日曜日を法定休日と定めている場合には、35％増しの割増賃金は、日曜日の労働について支払われることになります。
法定休日以外の休日を「法定外休日」といいます。土日が休日で、日曜日を「法定休日」と定めている場合には、土曜日が「法定外休日」になります。法定外休日に働いた場合には、週40時間を超えた部分について、時間外労働として25％増しの割増賃金を支払う必要があります。このため、土曜日と日曜日の手当が異なることがあります。
ただし、法定を上回る規定が就業規則等にある場合は、就業規則等が優先して適用されますので、確認してみてはいかがでしょう。