フレックスタイム制の清算期間が3か月まで延長されましたが、月45時間・年360時間という時間外労働の限度時間(労基法36④)は、清算期間が1か月を超えるフレックスタイム制に対してはどのように適用されますか。

清算期間が1か月を超える場合のフレックスタイム制については、時間外労働の限度時間(労基法36④)は、清算期間を1か月ごとに区分した各期間について、当該各期間(最終の期間を除く。)を平均して1週間当たり50時間を超えて労働させた時間に対して適用されます。
また、清算期間を1か月ごとに区分した各期間の最終の期間については、当該最終の期間を平均して1週間当たり50時間を超えて労働させた時間に加えて、「当該清算期間における総実労働時間から、①当該清算期間の法定労働時間の総枠及び②当該清算期間中のその他の期間において時間外労働として取り扱った時間を控除した時間」が時間外労働時間として算定されるもので、この時間について時間外労働の限度時間(労基法36④⑥)が適用されます。

詳しく解説

パンフレット「フレックスタイム制のわかりやすい解説&導入の手引き」
https://www.mhlw.go.jp/content/001140964.pdf

凡例
法令の略記
・労基法:労働基準法 ・労基則:労働基準法施行規則 ・年少則:年少者労働基準規則 ・最賃法:最低賃金法
・労契法:労働契約法 ・賃確法:賃金の支払の確保等に関する法律 ・安衛法:労働安全衛生法
条文等の表記
・法令略記後の数字:該当条文番号 ・法令略記後の○囲みの数字:該当項番号 ・法令略記後の( )囲みの漢数字:該当号番号
例:労基法12①(二):労働基準法第12条第1項第2号
通達の表記
・発基:大臣又は厚生労働事務次官名で発する労働基準局関係の通達 ・基発:労働基準局長名で発する通達
・基収:労働基準局長が疑義に答えて発する通達 ・婦発:婦人局長(現 雇用均等・児童家庭局長)名で発する通達