社長の指示で親睦会の代表者が36協定の労働者代表に選出されていますが問題はないのでしょうか。

時間外労働・休日労働に関する協定（36協定）の労働者側当事者は､①労働者の過半数で組織する労働組合がある場合はその労働組合､ ②過半数組合がない場合は労働者の過半数を代表する者になります。
過半数代表者は、次の条件に該当する者とされています（労基法施行規則第6条の2）。

1. 管理監督者でないこと
2. 36協定を締結するための過半数代表者を選出することを明らかにした上で、投票・挙手等の方法で選出すること
3. 使用者の意向に基づいて選出された者でないこと

ご質問にある「社長の指示で親睦会の代表者を36協定の労働者代表」とすることは、上記の条件を満たしていません。法令に反することになります。